新疆鄉企局
為新疆鄉鎮企業提供各類服務，會同有關部門建立健全鄉鎮企業的融資、技術、人才、培訓、信息創業等服務體系。
指導新疆鄉鎮企業體制改革、財務會計、內部審計，資產評估，負責組織鄉鎮企業統計工作。
組織指導新疆鄉鎮企業開展招商引資和對外經濟技術交流合作工作。
下屬機構
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規劃統計處
負責組織新疆出口企業產品展銷工作。
負責新疆鄉鎮企業局機機關財務工作；組織鄉鎮企業開展招商引資，對外經濟技術以及地區間、企業間的交流與合作。
指導新疆鄉鎮企業財務會計、內部審計、資產評估工作。
承擔新疆鄉鎮企業統計職能，擬定鄉鎮企業、農村三產業發展戰略、中長期發展規劃和年度計劃并組織實施。
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辦公室
貫徹執行發展新疆鄉鎮企業的法規政策，維護鄉鎮企業的合法權益。
擬定新疆鄉鎮企業局機機關有關規章制度并組織實施，管理機關后勤工作。
承辦新疆鄉鎮企業局機會議組織、文電文秘、宣傳信訪、信息檔案、文電起草、公文管理工作。
負責新疆鄉鎮企業局機關日常政務事務。
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農業產業化指導處
指導新疆農業產業化龍頭企業的建設工作。
會同新疆有關部門加強對農產品加工企業產品質量和標準化工作進行指導監督。
擬定對新疆農業產業化的資金扶植辦法。
擬定新疆有關農業化政策措施并組織實施。
