貫徹執行國家和省有關水行政管理工作的方針政策和法律法規，組織起草福建有關地方性法規、規章草案。
負責保障福建水資源的合理開發利用，擬訂水利戰略規劃和政策，組織編制福建重要江河湖泊的流域綜合規劃和防洪規劃，會同福建有關部門提出水利固定資產投資的規模、方向和省級財政性資金安排的建議，提出省級水利建設投資安排建議并組織實施，按規定權限審批有關水利項目初步設計。
負責福建生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理，擬訂福建和跨地級以上市水中長期供求規劃、水量分配方案并監督實施，組織開展水資源調查評價工作，按規定開展水能資源調查工作，負責重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調度，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度，指導水利行業供水和鄉鎮供水工作。
負責福建水資源保護工作。組織編制水資源保護規劃，組織擬訂重要江河湖泊的水功能區劃并監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議，指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。