貫徹執行國家、省、市有關食品(含食品添加劑、保健食品、酒類食品，下同)安全、藥品(含中藥、民族藥，下同)、醫療器械、化妝品監督管理的方針政策和法律法規，起草有關福建地方性法規、規章草案，推動建立落實食品藥品安全企業主體責任、區(縣級市)人民政府負總責的機制，落實食品藥品重大信息直報制度，著力防范區域性、系統性食品藥品安全風險。
負責福建食品的行政許可和監督管理，參與制定食品安全管理規范并監督實施。建立食品安全隱患排查治理機制，貫徹落實國家、省、市食品安全檢查年度計劃、重大整頓治理方案。組織開展食品安全重大專項治理和綜合檢查。參與食品安全風險監測計劃、食品安全標準的制定等相關工作。
監督國家藥典等藥品和醫療器械標準、化妝品相關標準的執行，負責對藥品、醫療器械、化妝品的行政監督和技術監督，監督實施相關質量管理規范。建立藥品不良反應、醫療器械不良事件監測體系，并開展監測和處置工作。配合福建有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度，核發第一類醫療器械產品注冊證。
監督管理福建放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品等特殊藥品(以下簡稱特殊藥品)和中藥材專業市場的中藥材質量，監督直接接觸藥品的包裝材料和容器的使用，承擔福建口岸藥品進口備案工作。